2003. 7. 1∼2004. 6. 30일 동안에 이루어진 기업의 설비투자에 대하여는 임시투자세액공제율 15%(현행 10%)를 적용하기로 하였으며, 임시투자세액공제 적용대상업종에 제조업ㆍ건설업 등 25개 업종 외에 의료기관을 운영하는 사업 및 노인복지시설을 운영하는 사업이 추가되었다.

또한 올해부터 중소기업에 대한 최저한세율이 현행 12%에서 10%로 2%p 인하하였다. 그리고, 기업하기 좋은 조세환경 조성의 일환으로 법인세율이 2%p 인하되었는데, 2005. 1. 1일 이후 개시하는 사업연도 분부터 적용된다.

아울러 연구및인력개발준비금 손금산입 제도를 2006. 12. 31일까지 3년 연장하였고, 중소기업의 연구및인력개발비 세액공제 전액에 대하여 최저한세 적용을 배제하였으며, 대기업의 경우 연구개발비의 대부분을 차지하는 석·박사급 핵심연구인력 인건비에 대한 최저한세 적용을 배제하여 기업의 연구개발이 활성화되도록 하였다.

그리고 기업이 2003. 7. 1∼2004. 6. 30일에 투자를 개시하거나 취득한 유형고정자산에 대해 투자금액을 조기에 비용화할 수 있도록 기준 내용연수의 50%(현행 25%) 범위내에서 감가상각 기간을 가감하여 감가상각을 할 수 있도록 하였다.

이와 함께 공장·본사의 지방이전에 대한 법인세 과세특례를 2005. 12. 31일까지 2년 연장하여 수도권과밀을 억제하고 지방으로의 이전을 지원하여 지역간 균형발전을 도모하였다.

이밖에 창업중소기업 등 세액감면 적용기한, 중소기업창업투자회사 등의 배당소득 법인세 비과세 기한, 농공단지 입주기업 등 세액감면 적용기한, 영농조합법인 등에 대한 법인세 면제 등 적용기한을 2006. 12. 31일까지 3년간 연장하였다.

납세편의 증진 - 법인세 전자신고시 2만원 세액공제 등

법인이 직접 법인세 전자신고를 할 경우에는 산출세액을 한도로 신고 건당 2만원을 세액공제하고, 세무대리인이 전자신고하는 경우에는 100만원을 한도로 납세자 1인당 1만원을 공제받도록 하였다.

또한 표준대차대조표, 표준손익계산서 및 부속명세서 등을 전자신고로 제출하면 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금처분계산서, 세무조정계산서 및 부속서류 등을 서면으로 제출할 필요가 없도록 하였다.

한편, 조세특례제한법상 소기업이 폐업한 경우 조세회피의 우려가 없으면 소득세법의 단순경비율을 이용한 추계방법(사업수입금액－사업수입금액×단순경비율) 등 국세청장이 정하는 합리적인 방법을 사용할 수 있도록 개선하였다.

아울러 법인의 사업자미등록 가산세, 세금계산서불성실 가산세 등을 현행 2%에서 1%로 인하하여 개인사업자와 동일하게 적용한다.

기업경영의 투명성 강화 - 접대비 업무관련성 입증의무 등

법인이 건당 50만원 이상 지출한 접대비는 접대자ㆍ접대상대방 및 접대목적을 증빙서류 여백 등에 기재하여 보관하여야만 비용으로 인정받을 수 있다.

수익 또는 자산을 과다계상하는 등 사실과 다른 회계처리로 인하여 과다하게 납부한 법인세액의 환급을 경정청구하면 이를 즉시 환급하지 않고 향후 5년간 발생하는 법인세액에서 차감한 후 잔액에 대해서만 환급하도록 함으로써 기업경영의 투명성을 강화시켰다.

주식회사의외부감사에관한법률에 따라 현금흐름표 작성이 의무화되어 있는 자산총액 70억원 이상 법인은 법인세 신고시 현금흐름표를 제출하도록 하여 기업의 현금흐름 상황을 파악할 수 있도록 하였다. 다만, 시행초기인 점을 감안하여 미제출시에 가산세를 부과하지는 않는다.

법인세 신고시 국세청장이 정하는 법인의 경우에는 세무사 등이 작성한 외부조정계산서를 반드시 첨부하여야 하며, 외부조정계산서 미첨부시에는 무신고에 해당하여 가산세가 부과된다.

한편, 수정신고기한 내에 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금산입하여 수정신고하는 경우 사내유보로 하던 것을 소득처분의 기본원칙에 따라 처분하도록 함으로써 수정신고를 악용한 조세회피를 방지하도록 하였다.